生物制藥凈化工程施工在進行之前要跟客戶進行充分的溝通以及現場考察，知道對方想要什么，才能確定和合理方案；還根據前期的溝通與現場考察，做出初步的設計方案，然后根據實際需求進行調整。

生物制藥凈化工程施工的各種參數要求較高 ，還需對進場材料設備的驗收程序要嚴格把關，施工過程的封閉控制以及法蘭、緊固件要符合規范要求。

生物制藥凈化工程施工應特別注意空氣控制工作。參與生產風管的人員必須穿專業服裝，以確保清潔無塵。盡量在封閉的環境下操作。對室內環境有嚴格的要求，基本保證是無塵無污染。